在使用浮游微生物采樣器(浮游菌采樣器)時，應該遵循以下采樣規則：
1、采樣者應穿戴與被測潔凈區域相應的工作服，在轉盤上放入或調換培養皿前，雙手用消毒劑消毒或戴無菌手套操作。
2、測試前浮游微生物采樣器、培養皿表面必須嚴格消毒。
3、采樣儀器經消毒后先不放入培養皿，開啟浮游菌采樣器，使儀器中的殘余消毒劑蒸發，時間不少于5min，并檢查流量并根據采樣量調整設定采樣時間。
4、對于單向流潔凈室（區）或送風口，采樣器采樣口朝向應正對氣流方向；對于非單向流潔凈室（區），采樣口向上。
5、布置采樣點時，至少應盡量避開塵粒較集中的回風口。
6、采樣時，測試人員應站在采樣口的下風側，并盡量少走動。
7、應采取一切措施防止采樣過程的污染和其他可能對樣本的污染。
8、培養皿在用于檢測時，為避免培養皿運輸或搬動過程造成的影響，宜同時進行陰性對照試驗，每次或每個區域取1個對照皿，與采樣皿同法操作但不需暴露采樣，然后與采樣后的培養皿(TSA或SDA)一起放入培養箱內培養，結果應無菌落生長。
做到以上8點規則，可以使得實驗數據更客觀，準確。